Als „Koya-san“ bezeichnet man heute zwei verschiedene Dinge. Zuerst geographisch eine Gruppe von Bergen auf der Kii-Halbinsel in der Präfektur Wakayama. Und „Koya-san“ bezeichnet seit der Meiji-Zeit (1868-1912) auch den dortigen buddhistischen „Kongobuji-Tempel“ selbst. Dieser Tempel umfasst die gesamte Hochebene mit zahlreichen Untertempeln des Kongobuji-Tempels.

Das Gebiet wurde im Jahr 816 von dem buddhistischen Mönch Kukai (Kobo Daishi) erschlossen, dem es gelungen war, die Unterstützung des Tenno (Kaiser) Saga zu gewinnen. Nach dem Ableben von Kukai, der 835 hier seine letzte Ruhestätte fand, entwickelte sich der Koya-san zur wichtigsten Stätte der Shingon-Schule neben dem Toji-Tempel in Kyoto.

Obwohl es 117 dem Kongobuji-Tempel untergeordnete Tempel mit rund 600 Mönchen sowie eine 1926 gegründete Universität für religiöse Studien im ganzen Gebiet gibt, stellt die Haupthalle vom „Kongobuji-Tempel“, der Kondo, das Zentrum des ganzen Koya-san dar. Die meisten religiösen Rituale und Veranstaltungen in Koya-san werden hier abgehalten.

Zu Lebzeiten Kukais entstanden nur wenige Gebäude. Nach seinem Ableben betrieb der Mönch und Abt Shinzen Daitoku den weiteren Ausbau. 887 wurde die „Westpagode“ (Saito) errichtet. Dazu kamen die „Yugi-Pagode“ (Yugi-to), die „Miroku-Halle“ (Miroku-do), die „Shingon-Halle“ (Shingon-do), die „Juntei-Halle“ (Juntei-do), der „Glockenturm“ (Shoro) und die „Grundlegende Großpagode“ (Kombondaito) im „Danjo-Garan“ genannten Areal. Auf diesem Areal befindet sich auch der „Kongobuji-Tempel“. Seit der Meiji-Zeit versteht man, dass das Verwaltungsoberhaupt des ganzen „Koyasan“ im „Kongobuji-Tempel“ wohnt. Der jetzige „Kongobuji-Tempel“ wurde 1869 gegründet, in dem man den „Seiganji-Tempel“ und „Kouzanji-Tempel“ miteinander verband. Die beiden Tempel wurden von Toyotomi Hideyoshi gegründet. Dieses Areal mit den wichtigen Gebäuden wird „Daijo-Garan“ genannt. Hier kann man eine der zwei heiligen Stätten auf dem „Koyasan“ besichtigen.

Die andere heilige Stätte in „Koyasan“ ist „Oku-no-in“. In „Oku-no-in“ befindet sich das Mausoleum von Kukai. Man kann den „Oku-no-in“ über einen 2 Kilometer langen Weg erreichen. Viele Gläubige sind aber der Meinung, dass Kukai immer noch am Leben ist und in einem Raum meditiert, um die Erleuchtung zu bekommen. Mönche legen mehrere Lampions vor seinen Raum, damit sie Kukai bei der Erleuchtungssuche helfen können.

In diesem „Oku-no-in“-Areal findet man etwa 20.000 Grabstätten bekannter Persönlichkeiten und renommierter Familien der japanischen Geschichte.

Etwa die Hälfte der Tempel auf dem „Koyasan“ bietet Pilgern und Touristen Unterkunft mit vegetarischer Mönchskost sowie die Möglichkeit, an der morgendlichen Andacht teilzunehmen.